يُعد التهاب المفاصل الروماتويدي أحد الأمراض المزمنة المناعية التي تؤثر على وظائف الجسم المختلفة ,الأوعية الدموية، والمفاصل، والرئتين. يؤثر التهاب المفاصل الروماتويدي على 1% من سكان العالم، وقد يرتبط بالعوامل الوراثية أو البيئية.
تبيّن أن بعض سلالات بكتيريا الأمعاء لها تأثير على الاستجابة المناعية في الجسم؛ فالبعض منها قد يحفز جهاز المناعة ممّا يؤثر إيجابياً على مرضى نقص المناعة، والبعض الآخر منها قد يثبط الاستجابة المناعية ممّا يؤثر سلباً على مرضى التهاب المفاصل الروماتويدي، إذ تبيّن أن ميكروبات الأمعاء قد تتسبب في الإصابة بالتهاب المفاصل الروماتويدي، كما تبين وجود علاقة بين ميكروبات الأمعاء وبعض الأدوية المستخدمة لعلاج التهاب المفاصل الروماتويدي، إذ يساهم التنشيط الشاذ للخلايا التائية والخلايا البائية على مضاعفة أعراض التهاب المفاصل الروماتويدي.
أظهرت الدراسات أنّ نسبة بكتيريا العصية اللبنية (بالإنجليزية: Lactobacillus) كانت أكبر لدى مرضى التهاب المفاصل الروماتويدي مقارنة بالأصحاء، كما وترتبط شدة التهاب المفاصل الروماتويدي بوجود عائلة البكتيريا المستدمية النزلية (بالإنجليزية: Haemophilus spp) في أسنان ولُعاب وأمعاء المريض.
أظهرت الدراسات دور البروبيوتيك الفعال في علاج التهاب المفاصل الروماتويدي من خلال تعديل مستويات ميكروبات الأمعاء، والتخفيف من الأعراض من خلال إنتاج المضادات الحيوية وتقوية الحاجز المعوي.